Im packenden Finale von "Matrix Reloaded" wagte Neo einen weiteren Schritt vorwärts auf dem Weg zur Wahrheit, den er am Anfang von Teil 1 mit seinem Ausflug in die reale Welt einschlug. Aber diese Verwandlung hat ihn seiner Kraft beraubt, er treibt im Niemandsland zwischen Matrix und Maschinenwelt. Während Trinity den im Koma liegenden Neo bewacht, muss Morpheus die Erkenntnis verarbeiten, daß "der Eine", auf den er seinen Glauben und sein gesamten Leben gesetzt hat, auch nur ein weiterer Kontrollmechanismus ist, den sich die Architekten der Matrix ausgedacht haben.

Jetzt kommt der Kampf zwischen Mensch und Maschine in sein überwältigendes Finale: verzweifelt versuchen die Zion-Soldaten mit Hilfe mutiger Zivilisten wie Zee und Kid die Invasion der Wächter zu stoppen, die sich unaufhaltsam in ihre Festung bohren. Angesichts der drohenden Katastrophe kämpfen die Bewohner der letzten menschlichen Bastion nicht nur um ihr eigenes Leben, sondern auch um die Zukunft der gesamten Menschheit.